對于一些比較精密的實驗來說，實驗器皿中存在細微的雜質都有可能導致實驗結果的偏差甚至失敗，因此實驗室玻璃器皿的清洗尤為重要。
玻璃器皿又分為一般的玻璃器皿和特殊玻璃器皿附著玻璃器皿上的污垢大致有兩類，一類是用水即可清洗干凈的，另一類則是必須使用清洗劑或特殊洗滌劑才能清洗干凈的。
在實驗中，無論附在玻璃器皿上的污垢屬哪一類，用過的器皿都應立即清洗。盛過糖、鹽、淀粉、泥砂、酒精等物質的玻璃器皿，用水沖洗即可達到清洗目的。應注意，若附著污物已干硬，可將器皿在水中浸泡一段時間，再用毛刷邊沖邊刷，直至洗凈。
玻璃器皿沾有油污或盛過動植物油，可用洗衣粉、去污粉、洗潔精等與配制成的洗滌劑進行清洗。清洗時要用毛刷刷洗，用此洗滌劑也可清洗附有機油的玻璃器皿。玻璃器皿用洗滌劑清洗后，還應用清水沖凈。對附有焦油、瀝青或其他高分子有機物的玻璃器皿，應采用有機溶劑，如汽油、苯等進行清洗。若還難以洗凈，可將玻璃器皿放入堿性洗滌劑中浸泡一段時間，再用濃度為5%以上的碳酸鈉、碳酸氫鈉、氫氧化鈉或磷酸鈉等溶液清洗，甚至可以加熱清洗。在化學反應中，往往玻璃器皿壁上附有金屬、氧化物、酸、堿等污物。清洗時，應根據污垢的特點，用強酸、強堿清洗或動用中和化學反應的方法除垢，然后再用水沖洗干凈。
使用酸堿清洗時，應特別注意安全，操作者應帶橡膠手套防護鏡，操作時要使用鑷子，夾子等工具，不能用手取放器皿。光學玻璃表面發霉，是一種常見現象。當光學玻璃生霉后，光線在其表面發生散射，使成像模糊不清，嚴重者將使儀器報廢。光學玻璃生霉的原因多是因其表面附有微生物孢子，在溫度、濕度適宜，又有所需″營養物″時，便會快速生長，形成霉斑。
對光學玻璃做好防霉防污尤為重要，一旦產生霉斑應立即清洗。消除霉斑，清洗霉菌可用0.1～0.5%的乙基含氫二氯硅烷與*配制的清洗劑清洗，濕潮天氣還要摻入少量的，或用環氧丙烷、稀氨水等清洗。使用上述清洗劑也能清洗光學玻璃上的油脂性霧、水濕性霧和油水混合性霧等。
